史前時(shí)期，龍子湖區(qū)地域?yàn)榛匆淖寰劬訁^(qū)。
秦王朝建立后實(shí)行郡縣制，龍子湖區(qū)地域?qū)倬沤で?yáng)、鐘離等縣分領(lǐng)。
至南宋寶祐五年（1257），龍子湖區(qū)地域?qū)馘┲葭婋x縣。
元至元二十八年（1291）撤銷懷遠(yuǎn)軍，改荊山縣為懷遠(yuǎn)縣，龍子湖區(qū)地域?qū)夔婋x縣。
明洪武年間，鐘離縣先后改為中立縣、臨淮縣，增設(shè)鳳陽(yáng)縣；龍子湖區(qū)地域?qū)嬴P陽(yáng)縣。
清同治二年（1863），劃鳳陽(yáng)縣馬村溝以西、懷遠(yuǎn)縣席家溝以東、靈璧縣后樓為蚌埠獨(dú)立行政區(qū)，置三縣司，直屬安徽省鳳陽(yáng)府。
1912年中華民國(guó)成立，廢鳳陽(yáng)府，懷遠(yuǎn)縣、五河縣直屬安徽省，后屬安徽省淮泗道。
龍子湖區(qū)地域劃屬鳳陽(yáng)縣。
1927年，正式廢道，鳳陽(yáng)縣直屬安徽省。
1929年初，蚌埠成立市政籌備處，翌年撤銷，仍屬鳳陽(yáng)縣。
1947年1月蚌埠建市，設(shè)東安、國(guó)慶、中山、西市、小蚌埠5個(gè)區(qū)公所，1949年?yáng)|安、國(guó)慶兩區(qū)合并為國(guó)安區(qū)，9月改為區(qū)公所。
1950年3月，撤銷國(guó)安區(qū)區(qū)公所和區(qū)公安分局。
1951年8月，恢復(fù)國(guó)安區(qū)人民政府建制，國(guó)安區(qū)改稱東市區(qū)，原行政組改稱居民委員會(huì)。
1956年5月，撤銷區(qū)人民政府，成立區(qū)人民委員會(huì)。
1957年5月，東市區(qū)人民政府更名為東市區(qū)人民委員會(huì)；1960年6月，全面實(shí)行城市成立龍湖人民公社，1963年，恢復(fù)東市區(qū)人民委員會(huì)。
1980年7月，設(shè)立區(qū)人大常委會(huì)機(jī)構(gòu)，成立新一屆區(qū)人民政府。
是年8月，取消革命委員會(huì)，成立東市區(qū)人民政府。
2004年1月，蚌埠市對(duì)行政區(qū)劃作重大調(diào)整，東市區(qū)更名為龍子湖區(qū)。
原中市區(qū)延安街道以及李樓鄉(xiāng)及長(zhǎng)淮衛(wèi)鎮(zhèn)劃入龍子湖區(qū)。
2011年9月，完成社區(qū)規(guī)模調(diào)整工作，由2007年的36個(gè)社區(qū)調(diào)整合并為25個(gè)。